博麗神社 † 
主人公、博麗霊夢が巫女を務める神社にして幻想郷にとって重要な場所。
このゲームでは霊夢の拠点である。
施設・設備 † 
賽銭箱 † 
お賽銭とにとポを預けられる銀行。
お賽銭は最大で999,999,999(約10億)円、にとポは最大で999,999(約100万)ポイント預けられる。
NS版、PS版ver1.23からはにとポも預けられるようになった。(阿求に稗田の合言葉の選択肢を追加するため移動された)
冒険でたっぷり稼いでこよう。
倉庫 † 
2560種類のアイテムを預けられる。
1種類のアイテムは999個まで預けられるが
装備品は攻撃力、修正値、レベル・獲得経験値、撃破数、印などが少しでも違うと別のアイテムとしてカウントされる。
消耗品も同じく、含有している印や、お札の場合は使用回数、スキマの場合はさらに何かが入っていると別アイテムになる。
装備品、消耗品ともに加護や呪いの有無でも別アイテム扱いとなる。
NS版1.0.4よりアイテムと素材を、個数を指定してまとめて預ける、引き出す機能が追加された。
こまめに整理しよう。
阿求 † 
にとポを預かってくれる。上限は999,999(約100万)。
(PS版のみ。NS版では賽銭箱に機能が移動した。)
幻想郷縁起では、各ダンジョンのリザルトの確認、アドベンチャーパート(一部はムービーも)の視聴、各キャラクターのカットインを確認できる。
NS版では博麗戦記が追加され、PS版のトロフィーと同じ情報を確認できる。
参照:会話記録 , 花果子念報 , トロフィー一覧
TODのストーリークリア後はアキュンガチャがスタート。阿求の隣に専用の装置が設置される。
ガチャ券代わりの稗田之書1冊で1回引くことができる。
稗田之書がなくても、ゲームプレイ時間1時間につき1回だけ無料で引くことができる。
また、相応の数稗田之書を消費して、よりレアリティの高い素材が1個以上確定する連続ガチャも可能。
稗田之書は阿求が1冊50万円で売ってくれる。
今作では店での販売額は2円。ボッタクリである。
今回は前作と違ってまとめ買い(5,10,買えるだけ)も可能。手持ちと賽銭箱の中身をすべて使って買う機能も。
特定バージョンの初回のみ過去バージョンでの不具合のお詫びの名目で稗田之書を無料で貰える。
所謂詫び石ならぬ詫び書というやつ。
アップデートすると貰えなくなるため、早めに回収しておこう
NS版では新たに稗田の合言葉が追加された。
前作からの引き継ぎや、クロスセーブができないことに対する代替措置。
ウェブ上で公開されたパスワードを入力することで、アイテムや実績などはそのままに
ストーリーの進行状況(ダンジョンのクリアフラグ)を変更できる機能。
進行度を進めたことで取り逃がした要素は進行度リセットして回収しなければならないので注意しよう。
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公開されたパスワード(ネタバレ注意)
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- newgamePLUS
進行状況リセット。OP前まで戻される。
所謂「強くてニューゲーム」。
このパスワードはあきゅうが教えてくれる
- caLLERAEL
クロックリメインズ以外の全ダンジョン解放&全クリア済
持ち不TA勢やPS版でクリア済の人向け。あと一部錬成レシピの解禁
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合言葉を入力してもリセットされないもの
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- アイテム・お金・にとポ
リセットした場合、プレイヤー、パートナーの装備は博麗神社の倉庫に預けられる。
未クリアのアナザーストーリーの倉庫は保持される。
- 幻想郷縁起(ただし達成数はリセットされる)
- カッパーマインの河童への投資
- 妖怪の里のキスメイベント
- ふとれんのボス撃破カウント(クリアするまでは0となる)
- にとフュージョンのレシピ(初級レシピ獲得までは使用不可)
リセットした場合、初級レシピ獲得まで進めると、初級だけでなくリセット前に獲得していたレシピも解禁される。
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PS版への導入も検討したい、と過去の公式生放送であったが、こちらは18/05/04の生放送で断念した旨が発表されている。
断念した理由は複数あるとされ、その一部として「フラグ無視によりトロフィーが簡単に取れてしまうと問題がある」「すでにアイテム管理機能がギリギリであり、フラグ無視によるアイテム倉庫送りなどでロストが発生する危険性を完全に排除できない」旨が明かされている。
華扇道場 † 
初心者指南や、実践形式のダンジョン、ストーリーダンジョンボスとの再戦に挑める。
詳しくは華扇道場へ。
月への転送装置 † 
届いて、地底からのSOS!(通称:地底)をクリア後に設置される月への転送装置。
レイセンの小屋へと続いている。
どうせお前ら地図使うから、転送装置なんて数えるほどしか使わないんだろ!
自動販売機 † 
Ver1.11で実装。博麗神社でアイテムの売買ができるようになった。
DLCで追加された装備(と、おめでたい見た目の装備)を販売している。
売買のメニュー切り替えは他の店と同様に□ボタンで。
アイテム名 | 販売額 | 備考 |
クリスマスベル | 1000 | 要DLC1(サンタ霊夢) |
殿堂入りシャンパン(金) | 4800 | |
パシフィストドール | 10000 | 要DLC3(アリス) |
雷剣「ガゴウジブレイド」 | 10000 | 要DLC7(屠自古) |
龍纏「ドラゴンズグロウル」 | 10000 | 要DLC8(華扇) |
アビスハルバート | 10000 | 要DLC4(空) |
ハートブレイカー | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
こころドリーム | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
エモーショナルグレイヴ | 10000 | 要DLC11(こころ) |
アブソリュートゼロ | 10000 | 要DLC12(チルノ) |
大妖精の羽 | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
ファントムシーク | 10000 | 要DLC13(大妖精) |
ズゥラアッ | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
骨付き肉 | 1000 | ver1.20以降 |
生ビール | 500 | ver1.20以降 |
PS Awardsトロフィー | 2017 | ver1.22以降(PS版のみ) |
クリスマスリース | 1000 | 要DLC1(サンタ霊夢) |
祟纏「ミシャグジさま」 | 10000 | 要DLC6(諏訪子) |
プリンセスオーダー | 10000 | 要DLC9(レイセン) |
こころエモーション~焦燥~ | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
こころエモーション~憤怒~ | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
こころエモーション~歓喜~ | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
高級ティーセット | 10000 | 要DLC5(クロリメ) |
ドールシールド | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
発動、Xモード!! | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
ダミーエフェクト | 10000 | 要DLC5(クロリメ) クロックリメインズクリア |
アイソレーションシールド | 10000 | 要DLC(THE・ELEGANCE) |
本怖!貴方の後ろにいるよ | 10000 | 要DLC10(さとり) |
自立ナビ人形いくちゃん | 13000 | 要DLC14(天子) |
ダンジョン † 
- 異変解決の途(通称:アワリティウム、アワリ)
最初のストーリーダンジョン。初回はボス込みで全40階。
- 尋龍点穴(通称:尋龍)
- 博麗神社の古井戸(通称:古井戸、博麗井戸)
アワリティウムクリア後に解禁されるダンジョン。
境内の井戸が入り口。
アナザーストーリー † 
本編が進むと順次解禁される、別主人公のシナリオ
最後までクリアすると、本編で使えるキャラクターが増える
各シナリオの解禁条件はストーリーチャートのページを参照
- 布都に話しかけると『物部布都と7つの試練』
- 早苗に話しかけると『ミラクル★アンビションズ』
- プレイヤー霊夢で懐中時計を調べると『クロックリメインズ』(初回のみ)
NPC・会話 † 
キャラクター | 会話内容 |
阿求 | 異変解決を任せきりにしていることに少し思うところがあるようです
焼きそばUFOをみたそうです |
布都 | 修行は1日にしてならず 修行など必要ない!……そうなふうに考えていた時期が(ry 霊夢の金運が悪いのは何かの呪いだった……? |
さとり | 煩悩の塊を読まれた ペットになったら教育しなおしてくれる 好きなタイプを教えてください |
魔理沙 | 退屈で死にそう アリスの人形劇を絶賛 DANMAKU HA POWER DAZE★・・・忘れてあげよう |
フランドール | 洗濯物が乾かないから太陽を壊しちゃダメ。 あなたはMなのかしら? 露骨に2回見つめて来た。咲夜はちょろいらしい。 |
早苗 | 霊夢の活躍の陰には早苗の活躍もあった。 残虐非道な霊夢と純真華憐な早苗が組んで「2人はプリーー」(自粛) 仲間のピンチに駆けつける奴はカッコイイ。 |
霊夢 (ver1.12以前) | いい天気ねぇ。こんな日は縁側でお茶を飲むに限るわぁ あんたに私の代わりが務まるとは思えないけど・・・まあ頑張りなさいな いい?ここは神社・・・。そして--あんたの目の前には「賽銭箱」がある。・・・あとは、わかるね? |
十六夜咲夜 (DLC5クロリメクリア後) | お嬢様の為なら、たとえ火の中、水の中、草の中、森の中、土の中、雲の中、お嬢様のスカー、いえ、なんでもないわ。 ああ見えて、美鈴は有能なのよ?サボっているように見えるけど、やるべきときにはちゃんと………あれ? あなたにつき合うほど、私は暇ではないのだけれど……降りかかる火の粉を黙って見ているほど、お人好しでもないのよね。 |
※ver1.13以降、霊夢は華扇道場に移動しました
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