時の遺跡 † 
謎の揺れの原因を突き止めるために調査に赴いた咲夜は
何者かによって連れてこられた霊夢とともに遺跡の奥へ進んでいく。
DLC第5弾で追加されたサイドストーリー「クロックリメインズ」における咲夜たちの拠点である。
初回開始時は博麗神社に設定される懐中時計、2回以降は妖怪の里北部の時の遺跡前から入ることができる。
時の遺跡前には地図で転移することができる。
施設・設備 † 
アイテム倉庫 † 
倉庫の像。機能は本編のものと同じ。
クロックリメインズをクリアすると本編の倉庫と中身が共有される。
貯金箱(豚殿) † 
豚の像。またお前かお賽銭は最大で999,999,999(約10億)円、にとポは最大で999,999(約100万)ポイント預けられる。
クロックリメインズをクリアすると本編の賽銭箱と中身が共有される。
お店(たぬきの置物) † 
たぬきの像。アイテムの購入、売却ができる。
経営者は不在。
時の遺跡を訪れる度に販売テーブルの抽選が行われる。
消耗品の品揃えは共通で、基本装備の品揃えだけが異なる3パターンが確認された。
食料と専用スペカは操作キャラによって並ぶものが変わる。
食料1はおはぎ、ワッフル、えのきたけ、イチゴタルト。すべて100円。
食料2は大きいおはぎ、おっきいワッフル、しいたけ、フルーツタルト。すべて200円。
専用スペカ1は部屋全体攻撃のもの(神霊「夢想封印」など)。すべて800円。
専用スペカ2は矩形範囲攻撃のものなど(神技「八方龍殺陣」など)。
早苗の奇跡「ファフロッキーズの奇跡」のみ800円。他は1000円。
ちなみに、『クロックリメインズ』初回開始直後は霊夢に対応した食料、専用スペカが販売される。
アイテム | 値段 | テーブル |
A | B | C |
木の棒 | 500 | 〇 | - | - |
竹の棒 | 500 | - | 〇 | - |
なにかの骨 | 500 | - | - | 〇 |
鉄の棒 | 500 | 〇 | - | - |
ナイフ | 500 | - | 〇 | - |
うちわ | 500 | - | - | 〇 |
うさぎのしっぽ | 500 | - | - | 〇 |
なべのふた | 500 | 〇 | - | - |
リボン | 500 | - | 〇 | - |
コンパクトディスク | 500 | - | - | 〇 |
たぬきの葉っぱ | 500 | 〇 | - | - |
麦わら帽子 | 500 | - | 〇 | - |
頭蓋骨 | 500 | - | - | 〇 |
薄い本 | 500 | 〇 | - | - |
ひょっとこ | 500 | - | 〇 | - |
エクレア | 300 | 固定販売 |
食料1 | 100 | 固定販売 |
食料2 | 200 | 固定販売 |
緑茶 | 120 | 固定販売 |
玉露 | 400 | 固定販売 |
解毒薬 | 120 | 固定販売 |
紅茶 | 300 | 固定販売 |
復活「乙事主の雄叫び」 | 666 | 固定販売 |
帰還「リターンオブハクレイ」 | 890 | 固定販売 |
専用スペカ1 | 800 | 固定販売 |
専用スペカ2 | 1000(800) | 固定販売 |
汎用「スペルカード入門」 | 800 | クロックリメインズクリア後 固定販売 |
保存のスキマ | 1400 +容量×450 | 固定販売 (容量3~5) |
心のスキマ | 1600 +容量×400 | 時の遺跡とメイド長クリア後 固定販売 (容量3~5) |
換金のスキマ | 1400 +容量×400 | Questionsクリア後 固定販売 (容量3~5) |
印抽出のスキマ | 1000 +容量×1000 | Questionsクリア後 固定販売 (容量1~3) |
合成のスキマ | 2000 +容量×500 | 時の遺跡とメイド長クリア後 固定販売 (容量2~3) |
ダンジョン † 
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